В університеті діють 24 науково-дослідних лабораторій, які співпрацюють з галузевими лабораторіями науково-дослідних інститутів АПН України та НАН України:
Актуальні проблеми дидактики фізики в основній школі
Актуальні проблеми професійної та технологічної освіти
Актуальні проблеми технологічної освіти учнів загальноосвітньої школи
В.О.Сухомлинський і школа ХХІ століття.
Вдосконалення майстерності практичного психолога
Дошкільна освіта: сутність, перспективи розвитку у ХХІ столітті
Інноваційні технології навчання біології
Історичне краєзнавство Уманщини
Педагогічне краєзнавство Черкащини
Польсько-українська науково-дослідна лабораторія дидактики імені Яна Амоса Коменського
Проблеми державних фінансів України
Проблеми оптимізації родючості ґрунту
Проблеми розвитку нових інтегрованих структур
Проблеми сільської початкової школи
Регіональної економіки і туризму